Chez environ la moitié des personnes infectées par la bactérie Borrelia , l'organisme sera capable de se défendre suffisamment contre l'infection et la personne ne deviendra pas malade. Lorsque la maladie se développe, la manifestation clinique la plus fréquente (estimé à environ 95 % des manifestations) est l’érythème migrant, qui apparaît entre 2 et 30 jours après la morsure de la tique (généralement 7 à 14 jours). Il s’agit d’un anneau rouge sur la peau, le plus souvent de la taille de 5 à 15 cm, qui s’étend progressivement à partir de l’endroit de la morsure, avec (souvent) un éclaircissement au centre. Cette rougeur (érythème) n’est pas douloureuse et disparaît spontanément en quelques semaines. Elle peut donc passer inaperçue. D’autres manifestations peuvent être associées à cette rougeur, comme une fièvre modérée, de la fatigue, des douleurs musculaires et des maux de tête.
Un érythème migrant doit être distingué d'une réaction locale à la morsure de tique, où la rougeur apparaît très rapidement, reste généralement de taille limitée et ne s'étend pas davantage. En présence d’un érythème migrant, il n'est pas recommandé d'effectuer d'autres analyses (p.e. au moyen d'un prélèvement sanguin) et le médecin (généraliste) prescrira un traitement antibiotique.
Une fois présente dans le corps, et en absence de traitement, la bactérie peut alors se disséminer vers d’autres parties du corps, principalement les articulations et le système nerveux et, plus rarement, le cœur. Dans certains cas, elle est alors à l’origine de manifestations tardives qui apparaissent au cours des semaines ou mois après la morsure, telles des arthrites (rougeur, douleur et gonflement d’une articulation, souvent le genou) ou des atteintes neurologiques (p.e. inflammation d'un nerf).